กรมชลประทาน ได้เริ่มเข้ามาดำเนินการในภาคใต้เมื่อ พ.ศ.2492 โดยมีคำสั่งกรมที่ 28/2492 ลงวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ.2492 จัดตั้งชลประทานภาคใต้ขึ้น มีฐานะเทียบเท่าแผนกโครงการก่อสร้าง ในสมัยนั้นเพื่อ ทำหน้าที่รับผิดชอบชลประทานทั้ง 14 จังหวัดภาคใต้ซึ่งได้ดำเนินการเกี่ยวกับการควบคุมกิจการชลประทานภาคใต้ตลอดจนถึงปี พ.ศ.2517

       เนื่องจากกิจการชลประทานภาคใต้ได้ขยายตัวอย่างกว้างขวางยิ่งขึ้นทุกปี เพื่อความสะดวก และคล่องตัวในการบริหารงาน กรมชลประทานจึงได้แบ่งส่วนราชการ ของชลประทานภาคใต้ขึ้นใหม่ เป็น 2 สำนักงาน ดังนี้ สำนักชลประทานที่11 รับผิดชอบภาคใต้ตอนบนรวม 7 จังหวัด ตั้งอยู่ที่ อำเภอปากพนัง จังหวัดนครศรีธรรมราช และ สำนักงานชลประทานที่12 รับผิดชอบงานชลประทานภาคใต้ตอนล่างรวม 7 จังหวัด คือ จังหวัดสงขลา, พัทลุง, สตูล, ตรัง, ปัตตานี, ยะลา และ จังหวัดนราธิวาส มีที่ทำการอยู่ที่ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา

     ต่อมาปี พ.ศ.2540 ได้มีพระราชกฤษฏีกา แบ่งส่วนราชการกรมชลประทานขึ้นใหม่ ในส่วนของสำนักงานชลประทานที่12ได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น สำนักชลประทานที่12 ต่อมา ปี 2545 มีพระราชกฤษฏีกา ปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม ขึ้นใหม่ในส่วน สำนักชลประทานที่12ได้เปลี่ยนเป็น สำนักชลประทานที่16 เมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน พ.ศ.2545 รับผิดชอบงานชลประทานภาคใต้ตอนล่างรวม 4 จังหวัด คือ จังหวัดพัทลุง, สงขลา, ตรัง, สตูล จนกระทั่งปัจจุบัน